El laboratorio Continental de Puno es responsable de diagnosticar, evaluar y monitorear el estado de las poblaciones de los principales recursos pesqueros del Lago Titicaca, así como de las principales variables ambientales que determinan la calidad del medio acuático, con el fin de incrementar el conocimiento de la ecología del Lago Titicaca y su relación con la producción pesquera y acuícola. Estas acciones están orientadas a implementar medidas de gestión de los recursos pesqueros en base al conocimiento del ecosistema, y de esta forma lograr un desarrollo sostenible del sector pesquero en la región Puno.