La Subdirección de Ciencias de la Atmósfera e Hidrósfera cumple funciones sustantivas, siendo su función general promover, coordinar y ejecutar investigación científica y estudios interdisciplinarios en los campos de la Atmósfera e Hidrósfera, a través de programas de investigación; orientados a conocer, ampliar y desarrollar el conocimiento geofísico para el desarrollo de la ciencia y contribución al proceso de estimación en la gestión de riesgos, éste último en salvaguarda de los intereses nacionales. Depende jerárquicamente de la Dirección Científica.