La escasa información sobre el genoma completo de Sarcocystis aucheniae y Sarcocystis lamacanis (masoni) en CSA limita la comprensión de su biología, evolución y adaptaciones genéticas. Además, se desconoce las interacciones específicas entre Sarcocystis y los CSA. Por ello, este estudio prospectivo y descriptivo tiene como Hipótesis: Existe la necesidad de conocer la secuenciación de los genomas completos de S. aucheniae y S. masoni, así como su diversidad genética en llamas y alpacas. Objetivo: Secuenciar el genoma y caracterizar genéticamente a S. aucheniae y S. masoni en camélidos. Metodología: Durante 36 meses, se cumplirá con los tres objetivos específicos: 1. Secuenciar el genoma completo de S. aucheniae y S. masoni: Se realizarán muestreos de carne en camales y/o mercados de las principales regiones productoras de CSA. Las muestras se confirmarán mediante técnicas de Microscopia e Histopatología, y luego se extraerá y secuenciará el ADN utilizando tecnología Nanopore. El análisis bioinformático permitirá identificar genomas de apicoplexa y mitocondrial, así como realizar comparaciones genómicas. 2. Establecer las relaciones filogenéticas de S. aucheniae y S. masoni: Se llevará a cabo un análisis genético de las regiones 18S, COX1 y cytb. La PCR y secuenciación se realizarán siguiendo protocolos específicos para cada gen. La información obtenida se utilizará para construir árboles de máxima parsimonia, permitiendo analizar las relaciones filogenéticas de Sarcocystis en CSA. y 3. Determinar la variabilidad genética de S. aucheniae y S. masoni: Se utilizará la técnica RAPD-PCR para analizar la variabilidad genética según localización geográfica y especie hospedadora. Con nuestros resultados esperamos concretar la obtención de los primeros genomas completos de S. aucheniae y S. masoni, identificar las relaciones evolutivas y determinar patrones de variabilidad genética. Brindando el posible impacto en el conocimiento de los genomas completos de S. aucheniae y S. masoni, que permitirá posteriormente establecer medidas de control que conduzcan a disminuir de manera paulatina su presencia, esto promoverá la disminución de quistes en carne de CSA y el incremento de nacimientos de crías sanas, lo cual significará una mejora económica para el poblador altoandino. Además, contribuirá al avance de la Identificación de nuevos genes o variantes genéticas en S. aucheniae y S. masoni, ampliando la comprensión de la biología y la genética de estos parásitos apicomplexos en CSA. Finalmente, la construcción de árboles filogenéticos más detallados proporcionará información sobre la evolución de S. aucheniae y S. masoni y su relación con otros miembros del género Sarcocystis.