En Perú, hay una alarmante tendencia hacia el aumento de cesáreas, con un aumento especialmente significativo en la región de Arequipa. Paralelamente, la proporción de defunciones neonatales por prematuridad ha llegado hasta 71% en el país durante el 2019. A pesar de estas cifras, son escasos los estudios enfocados en la microbiota, a pesar de que este campo podría ser clave para encontrar nuevas soluciones en el ámbito de la salud materno-neonatal. Por lo tanto, el objetivo del presente proyecto de investigación básica es caracterizar la microbiota materno-neonatal en relación al modo de parto y la edad gestacional utilizando la secuenciación de tercera generación en pacientes de un hospital nivel III de Arequipa. Para ello se reclutarán pacientes que cumplan con nuestras criterios de inclusión y exclusión, se tomarán las muestras y estas serán procesadas por técnicas moleculares para ser secuenciadas por tecnologías de tercera generación por nanoporos la cual permite obtener información precisa y detallada sobre los cambios que ocurren en la microbiota utilizando al gen ribosomal 16S rARN. Los resultados de este estudio contribuirán al avance del conocimiento sobre la microbiota materno-neonatal, y podrían tener importancia clínica. Al comprender mejor cómo el modo de parto y la edad gestacional se asocian a los cambios de la microbiota, se podrían desarrollar estrategias más efectivas para la prevención y el manejo de condiciones relacionadas con la salud materno-infantil, mejorando así los resultados obstétricos y neonatales en el sector.