El Laboratorio Costero de Santa Rosa realiza el seguimiento de las pesquerías pelágicas, demersales, costeras y de invertebrados marinos, en base a muestreos biométricos y biológicos, registro y análisis de la información pesquera artesanal de las caletas Santa Rosa, San José, Puerto Pimentel y Puerto Eten; así como del monitoreo de las condiciones ambientales del área marino-costera. Asimismo, efectúa estudios de la biodiversidad marina y de evaluación/prospección de bancos naturales de invertebrados marinos de interés económico.