La Dirección de Investigación en Ecosistemas de Montaña es el órgano de línea técnico encargado de formular y proponer la Política Nacional y el Plan Nacional de Ecosistemas de Montaña, en coordinación con las entidades competentes, así como con los gobiernos regionales y locales, sobre la base de la normatividad vigente. Depende jerárquicamente de la Presidencia Ejecutiva.